陣發性睡眠性血紅蛋白尿常規的治療主要是控制溶血的發作，溶血發作的時候常用藥物包括右旋糖酐、碳酸氫鈉、腎上腺皮質激素，其中最常用的是潑尼松等免疫抑制劑。如果患者有全血細胞減少，可以用雄激素等藥物刺激造血細胞生成。長期血紅蛋白尿可以導致缺鐵，引起缺鐵性貧血，因此明確缺鐵以后要進行補鐵治療，但是補鐵治療應該從小劑量開始。用于治療陣發性睡眠性血紅蛋白尿目前有一些新藥如Eculizumab，是人源型的抗C5單克隆抗體，也已經用于臨床治療。另外中重度貧血的患者要進行紅細胞的輸注，紅細胞輸注除了能夠提高血紅蛋白、維持組織需要的氧外，還可以抑制紅細胞生成，間接減少補體敏感的紅細胞。部分患者在病程中出現血栓，需要進行血栓的抗凝治療。