12歲男孩生殖器發育很小，即陰莖較小，屬于臨床上常見現象，主要原因如下：1、未發育：此時男孩的陰莖可能還未發育，建議家長帶男孩就診，進行測骨齡是否達到12周歲。部分男孩僅為11歲半，還沒有進入發育階段，此時無需過于擔心，屬于正常現象；2、肥胖：部分12歲男孩生殖器發育較小，可能是由于體型較胖，導致陰莖頭縮在內部，小便時或用手推陰莖較正常。建議男孩及時減肥，控制體重，尤其是腹部脂肪，即可露出陰莖頭；3、遺傳：可能與遺傳有關。因此，12歲男孩生殖器發育很小，家長應帶到醫院咨詢醫生。