男孩生殖器較小臨床上需排除隱匿性陰莖及小陰莖。隱匿性陰莖是指陰莖隱匿于皮下的先天性畸形疾病，臨床特點是陰莖外觀與同齡人相比較為短小，呈鳥嘴狀或小山丘樣，嚴重者陰莖外觀僅為包皮，無正常陰莖形態。但用手指往后推陰莖皮膚，可以顯露正常陰莖形態。隱匿性陰莖只是陰莖皮膚缺少，陰莖體海綿體發育正常，臨床需要與小陰莖進行鑒別。 小陰莖是真正的陰莖短小，陰莖體長度小于正常陰莖平均值2.5個標準差以上，是由于下丘腦-垂體-性腺軸激素分泌異常造成的。隱匿性陰莖臨床不能單純因包皮過長行包皮環切術，容易造成后續治療較為麻煩。男性陰莖大小本身存在個體差異，不同種族民族存在一定差別。常人正常情況下陰莖長度存在差異，例如緊張、寒冷等狀態可能使陰莖短縮。同時肥胖患兒由于恥骨前脂肪堆積等因素，使外生殖器觀察時呈現短小。