新生兒腸道發現感染以后，首先要評估新生兒的狀況。作為寶寶家長，懷疑新生兒腸道感染的情況，要帶寶寶及時去醫院，給孩子檢查大便常規，必要時化驗血常規，以及C-反應蛋白。還要注意孩子大便的次數、大便的性狀，是否含有黏液和膿血，有沒有其它異常的成分，奶瓣是否多，這時基本可以確立是不是感染，是細菌性感染還是病毒性感染，以及伴不伴有電解質紊亂的情況，有沒有液體循環的問題。如果寶寶有循環系統異常，這時需要住院治療。如果沒有這些情況，感染癥狀又不嚴重，可以考慮接受門診治療。如果寶寶是細菌性感染，及時口服抗生素，一般用三代頭孢類抗生素及時進行治療，然后補充孩子的水分，主要是充分的母乳并適當加口服補液鹽，再加腸黏膜保護劑以及益生菌就可以。如果是病毒性感染，一般可以加用抗病毒藥物，防止腸道過度分泌來調節寶寶的腸道菌群，病適當補充液體。