肛瘺是在肛門處形成的慢性肛周膿腫，肛瘺感染的內口通常位于肛門里，最常見的是在肛門齒狀線肛門腺、肛隱窩的部位，也就是在肛門和直腸交界的部位。肛瘺的外口一般位于肛門周圍皮膚，通常離肛門的距離不遠，幾厘米以內，在內口和外口之間有一個通道，稱為瘺道。肛瘺的形成主要是由于肛門急性感染導致，肛周膿腫破潰以后形成外口，待炎癥逐漸消退后形成的慢性感染，稱為肛瘺。肛瘺病人可以表現為肛門周圍反復的破潰、流膿、流血、疼痛，而肛瘺最開始的感染是由于在肛門處產生暴力，比如便秘、腹瀉導致肛腺、肛隱窩損傷，進而出現感染口。糞便在感染口的局部存留，在抵抗力低下時會加重感染形成肛周膿腫，肛周膿腫會繼發外口破潰，逐漸形成肛瘺。實際上認為肛周膿腫、肛瘺以及肛腺、肛隱窩感染，屬于同一個疾病的不同階段。