甲狀腺功能減退大部分由自身免疫性損傷所引起，甲狀腺功能減退最常見的原因是橋本甲狀腺炎，屬于自身免疫性疾病，是免疫系統誤將甲狀腺當作敵人進行攻擊破壞，使甲狀腺功能減退。妊娠期最常見的是妊娠期亞臨床甲狀腺功能減退，亞臨床甲狀腺功能減退是為胎兒創造一個最佳的環境，而定的一個相對性的診斷名稱，如果女性無妊娠，則不存在該疾病。 妊娠期亞臨床甲狀腺功能減退時，若促甲狀腺激素控制在2.5mIU/L以內，最佳數值為1.5mIU/L以內的正常范圍，需由專業的醫生來判斷和治療。另外，如果妊娠合并有甲狀腺功能減退時應及時診斷和快速進行治療，因為甲狀腺激素參與胎兒大腦和神經系統的發育。