酸奶應避免與大部分感冒藥同時服用，需要間隔1-2小時服用。因部分藥物可能與奶制品發生化學反應，從而產生不良相互作用。部分藥物可能還會使酸奶中蛋白質發生變性，生成沉淀，此時可能破壞藥效影響酸奶中有效成分吸收。還有較特殊藥物，如抗帕金森藥物，如果與酸奶類高蛋白飲食同時使用，可能影響吸收而無法發揮藥效。但部分藥物可以與酸奶同時服用，比如活菌制劑可以和奶制品一起服用，不會影響藥效。正常情況下感冒期間，尤其感冒發熱伴細菌感染時，需要應用抗生素。如果長期使用抗生素時，可能影響腸道菌群平衡，此種情況下，適當飲用酸奶有助于恢復腸道菌群平衡。