慢性骨髓炎治療較困難，根據病情輕重、病因，以及個人體質、治療方法不同而定。大部分慢性骨髓炎可控制癥狀，部分慢性骨髓炎可治愈，但仍存在少部分慢性骨髓炎不能治愈，極少數慢性骨髓炎患者可出現肢體截肢現象。慢性骨髓炎主要是由于骨感染后，出現較嚴重的局部病灶，可誘發出新的骨壞死，并且阻滯全身藥物及其他治療效果。目前隨著藥物治療骨髓炎的進展，包括特殊制劑應用控制與治療，以及手術方法進展包括切除大段病灶、良好的皮膚修復，以及骨水泥、骨延長技術進展，可使多數慢性骨髓炎癥狀得以控制甚至好轉。部分骨髓炎患者經過積極治療，身體狀況較好且恢復較理想，但部分慢性骨髓炎由于病情較廣泛，較難清除病灶。此外，患者個人體質較弱且長期患病，身體愈合能力與抵抗力較差時，病情反復難以治愈，甚至部分慢性骨髓炎出現大段骨壞死與關節破壞，關節喪失正常功能，可能需要截肢。