扁桃體癌的病因主要包括以下幾個方面：1、吸煙：各種煙草制品包括電子煙，都可以導致咽喉部癌癥，其中也包括扁桃體癌，吸煙是一個重要的危險因素；2、飲酒：研究證實，飲酒也是扁桃體癌的獨立危險因素，尤其是長期高度飲酒，特別是白酒，這會增加癌癥發生的概率；3、 HPV感染：人乳頭瘤狀病毒即HPV的感染也可以引起扁桃體癌。特別是在西方國家，不正當的經口性行為等可能導致病毒在口腔內繁殖，尤其是高危型的HPV16和HPV18，會增加扁桃體癌的風險；4、檳榔嚼食：在南方地區，尤其是湖南等地，許多人喜歡嚼檳榔，長期嚼食檳榔后，檳榔汁會刺激咽喉部和扁桃體，增加扁桃體癌的發生風險。此外，研究也證實胃酸反流與扁桃體癌變有關，隨著年齡的增長，胃食道括約肌會松弛，導致胃酸反流到食道上方，長期刺激扁桃體，也會引發扁桃體癌的發生。