抗核抗體全套主要用來查結締組織病，也就是廣泛概念的風濕病，主要包括類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡、硬皮病、干燥綜合征、血管炎，以及皮肌炎、多肌炎、壞死性肌炎等。抗核抗體的全套重點是要用來排除自身免疫性疾病的存在。比如發現抗核抗體超過正常高線的3倍以上，或者出現抗核抗體≥1:320情況，此時則通常要高度懷疑自身免疫病。如果具備相應的臨床表現，如關節疼、關節腫，皮膚反復的皮疹，或者太陽光曬臉上會紅、會癢，以及起一層皮疹等光過敏的現象，還有手指遇冷變白、變紫是雷諾現象。出現相應的風濕病表現時，醫生會高度懷疑可能存在風濕性疾病。大部分情況下，醫生很難根據臨床表現，明確診斷某一種風濕病。但是如果經過采血的化驗檢查，去看抗核抗體譜的相應表現，就能夠為接下來的診斷增磚添瓦，可能比較明確地做出風濕病的診斷。