非細菌性前列腺炎的病因往往是由于長期的炎癥反應，導致免疫系統改變所致，此時前列腺內查不到細菌，但存在長期炎癥反應。機體白細胞持續存在，并釋放炎性介質因子，同時合并免疫系統異常，則可導致前列腺反復不適，出現其他非細菌性前列腺炎的表現。目前很多研究表明，所謂的非細菌性前列腺炎可能與目前的檢測手段敏感度較低，并不能及時查到病原體有關。許多學者發現，非細菌性前列腺炎患者體內，有過支原體、病毒或其他微生物感染，但目前常用的檢測手段，如細菌培養，前列腺液的培養，敏感性較低，許多細菌難以培養出來，多數情況下僅能培養出表皮葡萄球菌等價值不大的細菌，有時前列腺真菌感染，真菌數目未達到一定數量級時，也難以培養出來。因此總的來說，非細菌性前列腺炎以目前的檢測來看，病因可能與難以發現細菌有關，因此不好進行針對性的治療，也可以將機體免疫炎癥反應作為病因之一。不管怎么樣，出現非細菌性前列腺炎后，建議請泌尿科的專科醫生對患者的情況，包括癥狀，進行好好的判斷，并給出一些治療建議，對這個疾病的恢復通常很有好處。