抗菌藥物在臨床應用的時候療程很重要，要根據病原菌的種類以及疾病的嚴重程度來決定療程。在2015版的抗菌藥物臨床應用指導原則當中指出，抗菌藥物的療程因為感染不同，療程也不盡相同。一般來講應該是用到體溫正常癥狀消退后72-96小時，也就是3-4天，如果有局部病灶，還可以用到感染灶完全消散。嚴重的感染，比如血流感染、感染性心內膜炎、化膿性腦膜炎、傷寒以及骨髓炎嚴重的感染性疾病，使用的療程要比較長。容易引起并發癥的，比如A組溶血鏈球菌引起的扁桃體炎或急性咽炎，如果治療不徹底會導致腎小球腎炎，治療時通常像青霉素頭孢菌素類藥物要用到十天以上。頭孢類藥物應用多長，要根據病原菌的種類以及感染性疾病的嚴重程度而定。