舌頭上長小黑點的原因通常有以下幾種：1、色素沉著或色素斑：比較常見。在菌狀乳頭上長個黑點，就像皮膚的色斑一樣，黏膜上也會有色素沉著。通常不需要治療，舌頭不影響美觀，也不提示疾病，病因不清楚。多數也不是1個，是好幾個菌狀乳頭上面有色素沉著，因為病因不清楚，也不太需要治療，可能是生理性的色素沉著；2、口周色素斑腸息肉綜合征：如果發生在嘴唇或多個大片的色素沉著，特別是黏膜上也有，要考慮有口周色素斑腸息肉綜合征，黏膜是大片的、多個的黑點，口周色素沉著。腸息肉是潛在惡性疾病，有時會惡變，多發生在小孩，要做腸鏡明確。