如果新生兒皮膚黏膜有損害，或者是能取到皮膚黏膜的組織標本，在暗視野顯微鏡下直接檢測到梅毒螺旋體，即可以診斷為先天性梅毒，這是臨床金指標，在暗視野顯微鏡下查到梅毒螺旋體，直接就可以診斷。如果有條件，可做梅毒螺旋體的IgM抗體檢測，若陽性也可確診為先天性梅毒。也可采用采血化驗，出生時梅毒螺旋體抗原血清學試驗，也就是要查TPPA，必須是陽性。其次就是非梅毒螺旋體，也就是RPR，如果RPR滴度值大于母親分娩前滴度的4倍，也可以確診。 出生時如果TPPA陽性，而RPR陰性，此時就不能完全定診，今后新生兒要經隨訪，如果在隨訪的任何一次過程中，RPR由陰性轉陽或者是滴度上升，就要考慮是否患有先天性梅毒的可能。再強調一點，出生后應當立即做化驗檢測，通常是第1一個月、第三個月要檢測，以后每隔三個月要檢測一次，直到第18月，也就是一年半的時間。