進行咽喉內窺鏡檢查時，通常會有些難受，但多數患者能夠忍受。在做咽喉內窺鏡前，為避免患者出現疼痛和咽反射，可以在喉嚨里放置物體，多數患者會出現惡心、嘔吐的反應，為使檢查能夠順利進行，可在檢查前在咽喉部噴表面麻醉劑。而為使表面麻醉劑能夠充分作用在咽喉部黏膜，通常會噴2-3次，同時叮囑患者避免咽下。當麻醉充分后，患者會有口周皮膚，包括口腔內黏膜麻木、腫脹的感覺，但不會感覺到疼痛。當麻醉充分后再進行咽喉部的內窺鏡檢查，將內窺鏡插入到咽喉部時，則不會出現疼痛，并且此時患者也不會出現惡心、嘔吐的情況。通常對于配合好的患者，咽喉部的內窺鏡檢查僅需要0.5-1分鐘，并且能夠觀察得比較全面、仔細。