整腸生對于部分腸道疾病，可以幫助大便成形，但如果是器質性病變所導致，未治愈器質性病變，服用整腸生也不會使大便成形。例如最近出現大便不成形、腹瀉、便秘，或者腹瀉、便秘交替，是因為腸道出現結腸癌，此時服用整腸生不能讓大便成形。因為出現腸道占位，導致大便性狀改變，需要針對腫瘤進行治療，可以內鏡下切除腫瘤。如果內鏡下無法切除，則需要外科醫生幫助處理結腸腫瘤。功能性腸病最常見的是腸易激綜合征，這類患者常沒有器質性問題，主要是因為情緒壓力，例如比較緊張，或者腹部受涼所導致的大便不成形，可以選擇整腸生這類的腸道益生菌。因為整腸生是地衣芽孢桿菌，可以幫助在一定程度上改善大便性狀，使大便成形。