一般不用整腸生治療便秘，如果是調節腸道菌群，通常用雙歧桿菌、乳酸桿菌等進行治療。整腸生的主要是成分是地衣芽孢桿菌，地衣芽孢桿菌可以治療急慢性腸炎引起的腹瀉，比如腸易激綜合征、潰瘍性結腸炎或細菌、病毒引起的急性腸炎等。而對于腸道菌群引起的便秘，通常用乳酸桿菌、雙歧桿菌、枯草桿菌等治療，一般不用地衣芽孢桿菌，即整腸生治療便秘。因為臨床發現整腸生有收澀的作用，所以對腹瀉的患者療效比較好，而治療便秘的效果比較差。