萎縮性胃炎在內鏡下有明顯的黏膜變薄，可清晰地看到黏膜下血管，通常描述為黏膜紅白相間、以白為主，黏膜下血管可以透見。此外，還包括腸上皮化生的病理學改變，在普通胃鏡下，腸化黏膜上皮通常表現為增生樣改變。除普通胃鏡檢查外，在NBI(內鏡窄帶成像術)及放大內鏡下(染色內鏡)檢查時，在NBI下會呈現典型的亮藍嵴改變。而萎縮性胃炎在內鏡下有相對特異的表現，但其表現與病理學的最后診斷并非100%吻合，醫生需在萎縮比較嚴重的部位取活檢，如胃竇、胃角、胃體等部位取活檢，幫助確診慢性萎縮性胃炎，同時也有助于判斷萎縮的范圍。