半夜肛門里墜痛醒來的原因可能有以下幾個方面：1、肛周或者直腸壁有膿腫：有膿腫局部就會有疼痛，這樣就會有墜痛，由于疼痛的刺激可能會影響睡眠，這是最有可能的一個原因；2、有肛管和直腸的炎癥：比如有肛竇炎、直腸炎等等，由于炎性刺激也會引起肛門的墜痛；3、盆腔病變：比如男性的前列腺炎，女性宮頸炎、盆腔炎，或者盆腔腫瘤，比如直腸腫瘤、前列腺腫瘤、婦科子宮腫瘤等，也可能會引起肛門墜痛；4、其它因素：除了器質(zhì)性因素之外，還有其它，比如精神、心理因素，其實是一種感覺，本身并不是因為疼痛而醒來，也有可能是由于失眠、焦慮、抑郁而引起的感覺。