超聲波碎石，絕大部分病人都不疼。在采用震波處理之前，很多病人都不需要用任何的鎮痛藥，因為超聲波碎石的能量絕大部分是釋放到硬的東西上，比如結石，并不對腎臟組織造成損傷。而且內臟組織與體表組織不一樣，對牽拉、壓力高、痙攣比較敏感，但對于機械作用，比如刀割刺激的痛覺不是太敏感。超聲波碎石會疼可能是震波時，少部分病人的結石位置較高，與胸膜位置、肋骨位置較近，可能會比較疼。還有部分病人本身結石很近，沖擊波的力量會要打的能量高、能級高，所以也會疼。甚至將靜脈石、鈣化點誤認為是輸尿管結石或腎結石，超聲波碎石時可能也會發生疼痛的情況。總而言之，在震波的操作過程中，馬上發生疼痛的比例較低，主要的超聲波碎石疼痛一般發生在震波后、排石過程中，梗阻造成腎積水、腎盂的壓力而造成疼。