體外碎石過程中不會出現劇烈疼痛，但是石頭排出體外時，可能患者疼痛比較劇烈。因為腎臟疼痛并非直接創傷的感覺，而是積石影響尿液排出產生梗阻的時候，腎被膜牽張，腎臟對于牽張疼痛非常敏感，疼痛較劇烈，如腎絞痛，即結石排出體外時堵塞輸尿管，使上方尿液排出不暢，導致腎盂擴張，腎臟被膜受到牽張，產生劇烈疼痛。患者在體外碎石過程中，把大塊結石通過體外沖擊波能量聚焦到結石上，結石震碎，形成小塊排出體外。結石排出過程是否順利，形成結石碎塊是否造成梗阻是造成疼痛主要原因。大多數患者在排石過程中會有一定程度疼痛不適癥狀，多數情況不會較嚴重，少數結石未碎掉結石碎完存在較大結石，造成梗阻，可引起劇烈腎絞痛。