體外沖擊波碎石對腎臟的功能存在客觀影響，但總體影響有限。對于部分腎結石的患者，需要進行體外沖擊波碎石，如果數量、次數較少，影響通常可以忽略不計。但對于經常、反復性，進行體外沖擊波碎石治療的患者而言，沖擊波本身也可導致腎臟實質的功能性損害，其損害原因主要在于會引起缺血再灌注，也就是當沖擊波擊打到腎臟實質表面時，可導致腎臟實質內部的毛細血管、小血管收縮，這一瞬間腎臟處于一種缺血狀態。當沖擊波打完后，血管會重新恢復供血，此過程叫做再灌注。如此往復，每次體外沖擊波碎石，沖擊波頻率大概為2500-3400次，這種情況下有時反復的缺血再灌注損傷，可對腎臟功能造成影響，尤其從長期隨診的角度而言，可能會出現腎臟的纖維化、腎臟功能損害等問題。