室間隔缺損有一部分孩子會發生自愈。室間隔缺損的自愈機制主要有周圍間隔生長導致室間隔缺損自愈和局部組織粘連發生室間隔缺損自愈，所以對于不同部位、不同類型的室間隔缺損，自愈幾率性不一樣。 此外，不同大小的室間隔缺損發生自愈的可能性也不一樣，小的室間隔缺損尤其是膜周和基部室間隔缺損都有一定自愈幾率，但各年齡段自愈幾率都不同，文獻證實對于1歲以內的室間隔缺損，小的膜周室間隔缺損等自愈可能性偏大，隨著孩子年齡的增大自愈幾率逐漸降低。