腦囊蟲病癥狀較復雜，疾病侵犯大腦不同部位可出現不同癥狀。常見癥狀為癲癇發作，為繼發性癲癇，可表現為頭痛、惡心、嘔吐，以及肢體癱瘓、神經衰弱、失眠、記憶力減退等癥狀，甚至可出現癡呆表現。此外，腦囊蟲病引起脊髓損害時，可出現腦積水、顱壓增高、視物不清，甚至黑蒙、視乳頭水腫等。因此，腦囊蟲病臨床表現較復雜，可出現多種中樞神經系統癥狀。