患腦囊蟲病后要進行驅蟲治療，在驅蟲治療前要檢查眼底，確保眼底無囊蟲才能進行驅蟲治療。驅蟲治療首選藥物是吡喹酮，是一種廣譜抗蠕蟲藥物，對于囊蟲效果比較好，藥物副作用比較小，大多數患者都能夠耐受，還有丙硫米唑、甲苯咪唑等。一般在服用該藥時，腦囊蟲可能會出現腫脹、壞死，會導致周圍腦組織出現炎癥反應，患者會出現腦水腫的情況，所以一定要在醫院進行吡喹酮治療。一般用藥要從小劑量開始，逐漸加量，如果出現顱內壓增高的情況，要及時應用脫水藥物，如果患者腦室內有腦囊蟲，可以通過手術治療將囊蟲摘除。還要進行腸道驅蟲治療，腦囊蟲是腸道絳蟲的幼蟲，將腸道內的絳蟲進行驅蟲治療，才能防止病人再次出現感染。絳蟲驅蟲可以用南瓜子、檳榔水等，也有相關藥物可以選擇。如果腦囊蟲出現鈣化，有可能會引起癲癇，還要進行預防癲癇的治療。