腦囊蟲病潛伏期就是囊蟲進入腸道，脫囊，從腸壁鉆出，進入血流，從血流移行到全身各個部位定居、增大、增長、死亡，然后產生臨床癥狀之間的時間。所以腦囊蟲病在潛伏期的癥狀非常不典型，大概是在從腸道穿破，然后進入血流，移行到全身各處定位，這段時間可能有一過性的發熱，或者是嗜酸性粒細胞增高等類似于過敏性的反應，然后會在定居部位進行定位、生長，沒有繁殖，就是生長，然后逐漸存活。當腦囊蟲死亡，會釋放出抗原，刺激周圍形成水腫，出現臨床癥狀。所以腦囊蟲病潛伏期沒有什么特別特異的臨床表現，因為是一過性的，所以可能都沒有注意到這種情況，沒有監測血常規，腦囊蟲就已經消散了。只有在腦囊蟲出現定位之后，蟲體存活對刺激周圍的組織并且開始死亡時，才會釋放抗原成分，引起周圍水腫，以至于出現相應的頭疼，然后眼部的這些癥狀，才會出現這些臨床表現。