輸尿管囊腫治療主要包括經尿道輸尿管口囊腫電切術及經尿道輸尿管口囊腫2μm激光切除，均為微創手術。基層醫院若無此類醫療設備可進行開放手術進行治療，開放手術方法為切開膀胱后，將輸尿管口囊腫切除治療。 輸尿管口囊腫為良性病變，由于輸尿管口入膀胱處肌層薄弱，且輸尿管口較狹窄，排尿時膀胱黏膜膨出，形成輸尿管口囊腫的病理改變。因此術后預后較好，一般無惡性病變可能。因此輸尿管口囊腫患者無需過于擔心，治療后效果較為理想。