在肛腸疾病中，高位復雜性肛瘺手術后復發率比較高，國外報道其復發率高達21%。如果是高位單純性肛瘺，手術后大部分都能痊愈，極個別人復發。如果是低位復雜性肛瘺，手術后應該都能治愈，復發者可能是有未被發現的高位瘺，單純的低位肛瘺手術后都能治愈，不會復發。如果是高位復雜性肛瘺，手術后大約有20%的人可能復發。肛瘺手術后復發的原因很復雜，主要的原因是內口問題，沒有找到真正內口，或者是有2個內口，而手術只切開了1個。由于內口是肛瘺的感染源，有遺留的內口就一定會復發。肛瘺術后復發的另一個原因是病情復雜，瘺管太多，走向不明，結果是手術中有遺漏，造成術后復發。