肛瘺屬于比較復雜的疾病，多數是由肛腺感染引起，處理肛瘺有以下兩個重要的環節： 1、在肛門外，肛瘺外口和皮下索條組織里的膿腔、組織里的瘺道； 2、肛門內肛腺感染引起肛瘺內口，即肛瘺來源從肛管內發生，需對其進行處理。 上述兩個部分都處理完善后肛瘺會徹底治愈，有一項處理不完整或遺留較小的問題，則會反復發作、長期不愈，可能還要需要進行較小的修理手術。所以肛瘺手術屬于十分復雜的問題，并不像痔瘡、肛裂手術一樣簡單，因為需要有較高的判斷性，錯綜復雜的結構使得手術難度增加。如果將以上兩個部分瘺管均處理徹底，肛瘺則不會復發。