反流性食管炎患者存在食管癥狀和食管外癥狀。食管癥狀包括典型反酸、燒心癥狀，以及胸痛、吞咽困難等不典型癥狀。反流和燒心常發生于餐后1小時，臥位、彎腰或腹內壓增大時可加重，部分患者可以發生于夜間睡眠時。反流是指胃十二指腸內容物在無惡心和不用力狀況下涌入咽部或口腔感覺，含酸味時稱為反酸，可伴有未消化食物。燒心是指胸骨后或劍突下燒灼感，常由胸骨下段向上延伸。 胸痛由反流物刺激食管引起，發生在胸骨后，嚴重時可為劇烈刺痛，可放射至心前區、后背、肩部、頸部、耳后，有時酷似心絞痛，伴或不伴有反酸和燒心。吞咽困難或胸骨后異物感可能是由于食管痙攣或功能紊亂所致，癥狀呈間歇性，進食固體或液體食物均可發生。食管外癥狀包括哮喘、慢性咳嗽、吸入性肺炎、特發性肺纖維化、聲嘶、咽喉癥狀和牙蝕癥。部分患者感覺咽部不適，存在異物感或堵塞感，但無吞咽困難，稱為癔球癥。