瘧疾的治療方法一般是口服抗瘧疾的藥物，也可以靜脈給予抗瘧疾的藥物，具體還需要結合患者的病情，通常針對瘧原蟲的治療藥物包括兩大類：1、針對紅細胞內的瘧原蟲：包括青蒿素或者青蒿素的衍生物，比如雙氫青蒿素、青蒿琥酯或者甲蒿醚，另外也有氯喹，目前瘧疾對于氯喹有一定程度的耐藥性，如果耐藥也可以選擇甲氟喹，但瘧疾對甲氟喹也有一定程度的耐藥性，若兩者都耐藥，可以用青蒿素類的藥物；2、針對紅細胞外期、紅細胞的配子體：一般應用伯氨喹，但伯氨喹容易引起溶血性貧血，尤其是對于G-6-PD(葡萄糖-6-磷酸脫氫酶)缺乏的患者，禁止應用伯氨喹，但可以選用他非諾喹，由于間日瘧和卵形瘧存在肝內遲發型的子孢子，容易引起復發，所以通常是兩類藥物聯合治療。如果是腦型的瘧疾，可以采用靜脈給予抗瘧疾的藥物進行治療，如果是普通的瘧疾，采用口服抗瘧疾的藥物進行治療。