抗瘧治療的藥物目前主要分為兩大類，一大類是青蒿素類藥物，也是目前全球范圍內使用最多、治療瘧疾效果最好的藥物。比如青蒿琥酯、蒿甲醚，進行靜脈注射、肌肉注射治療，也可以使用磷酸萘酚喹、雙氫青蒿素哌喹、磷酸咯萘啶等，進行口服治療。同時這些口服的藥物，還可以用作短暫性、預防性的治療。另一類藥物是用奎寧類，包括二鹽酸奎寧、硫酸奎寧等，這些藥物主要使用的地域是在法國和前法國的殖民地國家。在藥物治療的過程當中，不僅可以有效的殺滅瘧原蟲，還可以加強患者的代謝，從而促使有效快速地恢復。在治療瘧疾的同時，還要采用器官功能保護的藥物，比如使用護肝、利尿、貧血、保護腦細胞等藥物，從而減少瘧原蟲在人體寄生，對器官功能造成損害。采用綜合藥物治療，可以使得瘧疾患者能夠快速有效恢復，從而達到治療瘧疾的目的。