肝穿刺檢查可能存在風險。肝穿刺活檢后患者可能出現局部疼痛，包括檢查部位不適、放射至右肩疼痛和短暫上腹痛，都屬正常情況，可適當進行鎮痛治療。 只有極少數患者穿刺后會出現有臨床意義出血，出血可在腹腔內、胸腔內或肝臟內。發生肝臟膽汁外漏或穿透膽囊可引起膽汁性腹膜炎，可通過某些手段預防出血，包括術前凝血檢查，術中利用彩超引導調節進針角度、方向，避開可能穿刺到血管，術后靜臥30分鐘后，再通過彩超檢查是否出血。術后回病房，如果患者出現發熱癥狀，要考慮到是否感染，應給予抗感染治療。