對于腦炎，不同致病菌、不同原因，診斷不同，預后不同。兒童腦炎最常見的有病毒性腦炎、細菌性腦炎、自身免疫性腦炎，要根據臨床表現判斷原因。除了發燒、頭痛、有腦膜刺激征之外，沒有其它的臨床癥狀，還要結合CT和核磁。 病毒性腦炎經過治療基本上能夠完全痊愈，不留后遺癥。如果是單純皰疹病毒性腦炎，除了發燒、頭痛，可能會有精神癥狀包括癲癇，通過治療可能一部分患者會遺留后遺癥，比如遺留認知功能障礙或者癲癇，如果是細菌性腦炎經過抗菌素治療，一般可以完全恢復，不遺留后遺癥。如果是自身免疫性腦炎，恢復需要一定的過程。