早診早治情況下，約80%-90%的腦炎轉歸較好。由于臨床藥物譜系的增加，大多化膿性腦膜炎可治愈。結核性腦膜炎和單純皰疹病毒性腦炎給予及時的診斷和治療，也可以治愈，如果單純皰疹病毒性腦炎沒有得到及時的診斷和治療，患者可能會有遠期遺留癡呆、活動能力下降、癲癇甚至死亡。病毒感染誘發自身免疫亢進的患者，如果發生嚴重的顱內損害，一般轉歸較差。