小兒病毒性腦炎沒有特殊的治療，急性期正確的支持與對癥治療是保證病情順利恢復，降低病死率和致殘率的關鍵，其主要治療原則包括： 1、維持水電解質平衡、酸堿平衡和營養供給； 2、控制腦水腫及顱內高壓； 3、控制驚厥； 4、呼吸道和心血管功能的監護和支持，保持臟器功能，腦神經營養藥物的應用； 5、抗病毒治療，有些病毒性腦炎比如單純皰疹病毒性腦炎需進行足量、足療程的抗病毒治療； 6、必要時進行針灸理療等康復治療； 7、如果患兒病情較重，出現呼吸肌麻痹，需機械通氣治療。有頻繁驚厥持續發作，出現深度昏迷及嚴重感染等并發癥，需兒童重癥監護病房搶救治療，重癥腦炎更易引起急性期死亡及后遺癥。經過及時診治，本病病程大多2-3周，多數完全恢復，少部分臨床病情重、全腦彌漫性病變者可能遺留驚厥、智力、運動、心理行為、視力及聽力殘疾。