腦炎能否治愈與疾病類型相關，如單純皰疹病毒性腦炎患者，其早期死亡率達40%-70%左右。一般病毒性腦膜炎、腦炎，屬無菌性腦炎，預后相對較好。神經梅毒類腦炎，則預后較差，如艾滋病相關腦炎，患者可在一年內死亡。 此外，由于當前醫療技術水平的提高，腦炎患者經積極抗病毒治療后，死亡率較前明顯下降，但可有癲癇發作、頭痛、認知功能障礙等后遺癥。