小孩手足口病初期的癥狀不具有特異性，可以出現精神倦怠、乏力、食欲下降或者腹痛等，部分孩子還會出現呼吸道感染或者消化道感染的癥狀。隨著病情發展，還會出現不同程度的發熱，可以是低中度熱或者高熱，一般發熱1-2天左右，便開始出現皮疹。皮疹主要發生在手掌、足底，甚至可以在臀部、口腔，通常不伴有明顯瘙癢。一般在1周左右，病情較輕的患兒可以逐漸好轉，并恢復正常。病情較重者除上述臨床表現外，還可以累及其他系統，比如中樞神經系統，引起中毒性腦病。此時患兒可以伴有頭疼，或者伴有前囟隆起，出現嗜睡、昏睡，嚴重者可以出現抽搐、昏迷等臨床表現。部分孩子還會累及心血管系統，導致中毒性心肌炎，甚至出現心衰。