嬰兒手足口病的初期癥狀較輕微，并且癥狀可以并不特異。此時孩子可以表現出食欲下降、厭食，并且孩子可以出現不同程度的發熱。孩子在進食母乳或奶粉時會伴有哭鬧，同時孩子在進食后會出現口腔疼痛并伴有明顯的流口水增多。隨著疾病的進展，孩子的口腔中，尤其在上腭以及咽后壁的位置能夠觀察到出血點，而后出血點逐漸融合、破潰形成皰疹或潰瘍。孩子的手掌、足底、臀部以及大腿部位也會逐漸開始出現不同程度的散在皰疹。輕癥的手足口病具有自限性，隨著疾病進展5-7天后，皰疹會破潰、融合、結痂而逐漸愈合并進入恢復期。少數的手足口病是由于EV71病毒感染所引起的重癥手足口病，此時可能會合并有其他系統的改變。部分孩子可能會合并中毒性腦病，甚至出現充血性心衰，嚴重的情況下甚至可能會危及患者生命。