肛瘺疾病必須要手術治療，但是手術前要除外手術禁忌癥，如果全身情況允許，采用手術治療。手術前要進行麻醉，目前比較人性化的麻醉是靜脈全麻，也可以采用局部麻醉，這兩種麻醉都能達到全程無痛的效果，使病人術中沒有任何痛苦。手術開始后首先要探查清楚瘺管走形、深度、范圍，尤其多個瘺管的患者。探查清楚之后應徹底清除瘺管和感染病灶，以保證手術成功。同時傷口也要保證充分引流，創口寬窄、大小、形狀要恰到好處，讓壞死組織能盡快引流出來，促使新生組織能很快填充創口，達到根治效果。