巧克力囊腫，實際上應當被稱為卵巢子宮內膜異位囊腫，這是一種卵巢型的子宮內膜異位癥。由于子宮內膜異位到了卵巢的位置，伴隨著周期性排卵，周期性雌孕激素水平的分泌，卵巢位置的子宮內膜也會有相應的這些功能，也能夠形成周期的剝脫性出血。繼而這些出血就能夠積存在卵巢內部，越來越大形成囊腫，而里面的囊液隨著水分被吸收會變得越來越濃稠。而且伴隨著鐵元素的析出，顏色將會越來越深，逐漸就會變成巧克力一樣褐色的黏稠液體，所以才會被稱為巧克力囊腫。巧克力囊腫多發于生育年齡的女性，因此在手術的過程中通常都會選取進行囊腫剝除，而并不會直接選擇進行卵巢切除。如果選擇進行卵巢囊腫的剝除，會選取避開卵巢門的部位，選取巧克力囊腫表面皮質比較厚的地方進行切開，然后沿著巧克力囊腫壁以及正常卵巢壁之間的界限予以分離。有可能在分離的過程中會發生巧克力囊腫的破裂，但通常沒有關系，及時將這些溢出液予以清除，然后繼續將完整的卵巢子宮內膜異位囊腫的囊腫壁完整剝除，之后利用電器械進行卵巢出血部位的止血，也可以應用縫針來進行縫合止血，通常縫合止血之后，手術過程也就全部結束。