海綿體萎縮的原因主要是陰莖海綿體供血不足或雄激素缺乏。陰莖海綿體缺少供血時可引起其萎縮，而雄激素為刺激陰莖發育的動力，如果雄激素缺乏，陰莖海綿體亦可萎縮，陰莖會變小。外傷亦可導致陰莖海綿體纖維化，引起陰莖海綿體硬結癥，因陰莖海綿體出現纖維硬結，供血不佳時陰莖有時可出現彎曲，從而出現陰莖海綿體萎縮。除外，炎癥亦可引起陰莖海綿體纖維組織增生，血管彈性變差，從而出現陰莖海綿體萎縮。還有長期陰莖不勃起，亦可引起陰莖海綿體廢用性萎縮。