經皮腎鏡與輸尿管軟鏡取石均屬于腎結石治療技術，如何選擇主要取決于結石的大小、部位等因素。二者處理結石的適應癥不同，若腎結石直徑＞2cm，考慮行經皮腎鏡進行處理，若結石直徑＜2cm或腎下盞結石直徑＜1.5cm，考慮行輸尿管軟鏡進行處理。在碎石的效率上，經皮腎鏡取石效率更高且術后殘留結石的概率更小。而在創傷方面，輸尿管軟鏡的傷口更小。目前由于輸尿管軟鏡的碎石效率不斷提高，部分醫生開始將輸尿管軟鏡應用于直徑＞2cm的腎結石治療，也存在一定的療效。但多數情況下，經輸尿管軟鏡處理結石需進行分析，且治療的價格相對昂貴。另外，應用經皮腎鏡與輸尿管軟鏡均可能導致并發癥，其中經皮腎鏡的主要并發癥是感染與出血，而輸尿管軟鏡的主要并發癥是感染以及輸尿管損傷。