經皮腎鏡碎石取石術過程比較復雜，首先給病人在麻醉以后擺截石位，經尿道膀胱鏡下插輸尿管導管到腎盂，給患側注水形成人工腎積水。插管以后需要把病人體位改變，截石位改成俯臥位，部分術者喜歡側臥位或斜臥位，主流體位是俯臥位。 在第11肋間或第12肋下部位進行B超或者X線引導下穿刺，穿刺以后進入腎盂進行擴張，擴張以后形成通道，把內窺鏡放進去以后就能看到腎臟結石，在腎盂或者腎盞把結石用激光或者氣壓彈道碎石器械打碎，把石頭排出，將輸尿管導管去掉就可以接受手術。