惡性胃腸道間質瘤手術后是否會復發，與多種影響因素有關，包括腫瘤性病灶、腫瘤大小等。1、與患者的腫瘤性病灶有關：比如患者的胃腸道間質瘤雖然是惡性的，但體積相對較小，而且比較孤立，手術的時候沒有造成腫瘤的破裂并完整切除，且手術醫生比較仔細、動作輕柔，這種情況下手術后結合口服的甲磺酸伊馬替尼等藥物，可以較好控制腫瘤的復發和進程，部分患者確實就沒有復發；2、與腫瘤大小有關：如果患者的惡性胃腸道間質瘤體積較大，在手術操作過程中造成了腫瘤的破裂，則會引起患者整個腹腔彌漫性轉移和擴散，此時手術后會伴有腫瘤的反復發作。即便口服甲磺酸伊馬替尼等靶向治療，也會造成腫瘤復發。另外，如果體積較大的胃腸道間質瘤，即便術中沒有發生破裂，但由于惡性程度較高，手術切除之后的復發風險仍然會明顯增加。這種情況需要患者在服用靶向藥物的過程中密切復查，比如彩超或者CT。一旦發現腫瘤有復發的跡象，必要時可以考慮二次手術，盡量避免嚴重并發癥的發生