判斷胃腸道間質瘤復發風險的方法是危險度分級，胃腸道間質瘤的危險度分級，主要用于手術切除后的胃腸道間質瘤患者。根據腫瘤的大小、核分裂象計數、腫瘤原發部位，胃腸道間質瘤通常分為四個等級，分別為極低危、低危、中危、高危。 如果核分裂象計數≤5、腫瘤大小＜5cm，通常屬于極低危和低危，這類患者發生復發和轉移的風險較低。而非胃原發的腫瘤大小＞2cm，或者胃來源的腫瘤大小在2-5cm及以上、核分裂象＞5，通常是屬于中高危的患者，這部分患者極易發生復發和轉移。 危險度分級的意義，在于將復發轉移為高風險的患者篩查出來，確定患者是否需要進行術后輔助治療，以能夠從術后輔助的靶向藥物治療中獲益。復發風險低的患者通常不推薦行術后輔助治療，而復發風險高的患者必須建議進行術后輔助靶向藥物治療。