胃腸間質瘤是一種具有潛在惡變的疾病，復發率不能一概而論，要根據不同的危險度分級標準進行判斷。對于部分低危患者，通過手術治療以后，復發概率非常低，甚至于在手術以后無需通過相應輔助治療來維持，只需長期隨訪即可維持。 對于部分高危患者，無論是做完手術還是出現復發，需要通過長期靶向藥物進行治療，部分患者因為各種因素無法進行輔助治療，復發概率或風險會非常高。