目前還沒有治療腸化生的特效藥，但臨床上用一些中藥的組方或者是成藥可以起到一定效果，比如摩羅丹。腸化生是胃黏膜的一種病理形態學的改變，而正常胃黏膜由胃黏膜的細胞組成。如果胃黏膜發生了炎癥或者潰瘍，出現了壞死脫落，再重新生長的細胞還是原來的細胞，則可以理解為治愈。如果再生長的細胞不是胃黏膜原來的細胞，而是腸黏膜的細胞長到胃上，則屬于腸化生，說明胃的炎癥相對比較重。通常胃的炎癥越重，脫落的細胞越多，胃黏膜細胞來不及修補，會合并長出腸黏膜的細胞，出現腸化生。從藥物治療來講，摩羅丹這類中藥主要能夠防止腸化生進一步進展，而不能達到讓腸化生再換成正常黏膜細胞的情況。臨床上對于治療黏膜慢性炎癥，導致胃黏膜細胞的萎縮、腺體減少造成萎縮，或者是出現腸化、異型增生，一般需要復合用藥，用一些中成藥，再加上調節胃黏膜氧化應激、調節胃黏膜細胞生長的藥物來進行綜合性的治療才能夠達到一定的效果。