生化妊娠與自然流產、胚胎停育相同，都是一次異常的妊娠狀態。導致生化妊娠的原因最常見的就是胚胎染色體異常，染色體出現多倍體、非整倍體等因素都會導致流產。生化妊娠是胚胎還沒有成功著床，種植于宮腔內就發生流產，因此也是胚胎發育異常的表現。大多數胚胎停育和生化妊娠都是由于染色體異常所導致，但是也有其他因素可能會導致自然流產的發生，包括病毒感染。在孕前常規要求檢測的弓形蟲、巨細胞病毒、單純皰疹病毒和風疹病毒都是引起胚胎停育、生化妊娠、自然流產的原因，所以建議女性在孕前要進行這些相關的病毒檢測，避免由于病毒感染而引起流產發生和胚胎胎兒畸形。另外還有部分流產與免疫因素有關，孕婦如果患有自身免疫性疾病，比如橋本甲狀腺炎、系統性紅斑狼瘡、抗磷脂綜合征等免疫疾病，也是導致自然流產反復發作的常見原因。