生化妊娠有可能是胚胎自身的原因，也有可能是母體的一些疾病，或者一些環境因素所導致，生化妊娠是指早期的受精卵著床失敗所導致的早期自然流產，原因主要如下：1、胚胎自身原因：比如胚胎染色體異常導致早期著床失敗，如果夫妻雙方之一是染色體異常的患者，比如染色體的平衡易位或者羅氏易位的患者，就容易出現胚胎染色體的異常；2、母體疾病：比較常見的原因如子宮內膜異常、子宮內膜炎、內膜息肉、子宮內膜宮腔粘連，這些疾病會使子宮內膜容受性下降，從而出現生化妊娠。母體解剖學異常，常見的一些先天畸形。如子宮縱隔會導致反復生化妊娠，子宮內膜異位癥、子宮腺肌癥、輸卵管積水，都有可能會導致子宮內膜容受性的下降，導致生化妊娠。母體免疫、凝血功能的問題，比如抗磷脂綜合征會導致生化妊娠的發生，一些內分泌的問題如多囊卵巢綜合征、甲狀腺功能異常，都有可能導致生化妊娠的發生；3、環境因素：如果早孕期接觸一些尼古丁、酒精、咖啡因，還有一些毒物、重金屬等，都有可能會導致生化妊娠的發生。